function [acdata_t,del_t,acdata_raw,del_raw,wls]=acs_cal_proc(fnam)
%
%  Program to read WetView ac-a data files
%
%  INPUTS
%    FNAM = file name to read in.
%
%  OUTPUTS
%    
%  	t1-time for acs data
%    dat = ACs data
%    T=temp. P=pressure
%
%
%  Written by Emmanuel Boss, UMAINE, 2005.
%   

fid=fopen(fnam,'r');

%fid=fopen('C:\Program Files\MATLAB704\work\work\ac-s partitioning data\ACS007_1-12-06\acs007_cal-a_011206_gravity3_T21_9.dat','r')
%skip first 97 lines
for i=1:97   
   line=fgetl(fid);
end
i=1;
%a wavelengths for acs007, feb06 dev file
wls(:,1)=[400.3,405,409.4,413.7,418.3,423.1,428.1,432.7,437.1,441.9,446.7,451.3,456.2,461.1,465.7,470.6,475.5,480.4,485.2,489.9,494.2,498.9,503.8,508.5,513.3,518.2,523,527.9,532,536.8,541.5,546.3,550.9,555.3,559.8,562.5,566.9,571.2,575.4,579.8,584.1,588.5,593,597.7,602.1,606.8,611.7,616,620.9,625.4,630,634.7,639.3,643.8,648.4,653.2,657.8,662.4,666.9,671.1,675.7,680.1,684.3,688.5,692.4,696.6,700.4,704.4,708.1,711.6,715.3,719,722.4,725.6,729.1,732.3,735.4,738.6,741.5,744.6,747.5,750,752.4];
%c wavelengths for acs007, feb06 dev file
wls(:,2)=[401,405.1,410.1,414.4,419.2,423.8,428.6,433.2,437.9,442.5,447.4,452,456.7,461.5,466.2,471,475.9,480.8,485.5,490,494.6,499.3,504,509,513.7,518.5,523.4,528.2,532.7,537.3,542.1,546.9,551,555.8,560.1,565.2,569.6,574.1,578.3,582.7,587.1,591.8,596.2,600.8,605.6,610.3,615.2,619.9,624.4,628.9,633.5,638,642.8,647.4,652.2,656.8,661.3,666,670.5,675,679.3,683.5,687.7,691.8,696,700,703.9,707.6,711.3,715,718.5,722,725.2,728.9,732.1,735.3,738.5,741.6,744.8,747.3,750,752.5,755.2];
junk=fscanf(fid,'%e',[1]);
while(feof(fid)==0)
   t(i)=junk/1000;
   junk=fscanf(fid,'%e',[174]);
   if size(junk)<174
       break
   end
   dat(i,:)=junk(1:166)';
   T1(i)=junk(167);
   T2(i)=junk(170);
   i=i+1;
   junk=fscanf(fid,'%e',[1]);
end
fclose(fid);


%Initial ac-s data processing steps, M. Estapa, 2006.

%build data, error arrays
acdata_raw(:,1) = (median(dat(:,84:166)))'; %a data
del_raw(:,1) = (prctile(dat(:,84:166),85)-prctile(dat(:,84:166),15))'; %a error
acdata_raw(:,2) = (median(dat(:,1:83)))'; % c data
del_raw(:,2) = (prctile(dat(:,1:83),85)-prctile(dat(:,1:83),15))'; %c error


%routine for temperature correction
%Tm = input('Enter water or sample temperature:  ');
filenamelength = size(fnam);
startT = filenamelength(1,2) - 7;
endT = startT + 3;
Tm = str2num(fnam(startT:endT));


Tref = 20.0;  %for acs #007, feb06 factory cal.
wavelength = [400;402;404;406;408;410;412;414;416;418;420;422;424;426;428;430;432;434;436;438;440;442;444;446;448;450;452;454;456;458;460;462;464;466;468;470;472;474;476;478;480;482;484;486;488;490;492;494;496;498;500;502;504;506;508;510;512;514;516;518;520;522;524;526;528;530;532;534;536;538;540;542;544;546;548;550;552;554;556;558;560;562;564;566;568;570;572;574;576;578;580;582;584;586;588;590;592;594;596;598;600;602;604;606;608;610;612;614;616;618;620;622;624;626;628;630;632;634;636;638;640;642;644;646;648;650;652;654;656;658;660;662;664;666;668;670;672;674;676;678;680;682;684;686;688;690;692;694;696;698;700;702;704;706;708;710;712;714;716;718;720;722;724;726;728;730;732;734;736;738;740;742;744;746;748;750;];
phiT = [0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0;0;0;0.0001;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0.0001;0.0001;0.0001;0.0002;0.0003;0.0003;0.0004;0.0005;0.0006;0.0006;0.0007;0.0008;0.0009;0.001;0.001;0.001;0.001;0.001;0.0009;0.0009;0.0008;0.0007;0.0006;0.0006;0.0005;0.0004;0.0003;0.0003;0.0002;0.0001;0.0001;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0.0001;0.0001;0.0001;0.0002;0.0002;0.0002;0.0001;0.0001;0.0001;0;0;-0.0001;-0.0001;-0.0001;-0.0001;-0.0001;-0.0001;0;0;0.0001;0.0002;0.0003;0.0005;0.0007;0.0009;0.0013;0.0017;0.0021;0.0026;0.0032;0.0038;0.0045;0.0054;0.0063;0.0073;0.0083;0.0094;0.0104;0.0113;0.0121;0.0128;0.0133;0.0136;0.0136;0.0133;0.0129;0.0124;0.0116;0.0107;];
sigma_phiT = [0.0002;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0;0;0;0;0.0001;0.0001;0.0001;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0;0;0;0.0001;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0001;0.0002;0.0002;0.0003;0.0003;0.0004;0.0004;0.0004;0.0004;0.0005;0.0005;0.0006;0.0006;0.0007;0.0007;0.0007;0.0006;0.0005;0.0004;0.0003;0.0003;0.0004;0.0005;0.0006;0.0007;0.0008;0.0009;];
c_phiS = [-1e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-3e-005;-3e-005;-3e-005;-3e-005;-3e-005;-3e-005;-3e-005;-3e-005;-3e-005;-3e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-4e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-5e-005;-4e-005;-3e-005;-3e-005;-2e-005;-1e-005;0;1e-005;1e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;0;0;0;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-2e-005;-3e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;-0.0001;-0.00011;-0.00013;-0.00014;-0.00016;-0.00017;-0.00018;-0.00019;-0.0002;-0.00021;-0.00022;-0.00022;-0.00023;-0.00023;-0.00023;-0.00024;-0.00024;-0.00024;-0.00024;-0.00022;-0.00021;-0.00017;-0.00012;-6e-005;2e-005;0.00012;0.00022;0.00031;0.00041;0.00049;0.00056;0.00062;];
c_sigma_phiS = [4e-005;4e-005;4e-005;4e-005;4e-005;4e-005;4e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;0;-1e-005;-2e-005;-3e-005;-4e-005;-6e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;2e-005;2e-005;2e-005;3e-005;3e-005;3e-005;];
a_phiS = [3e-005;3e-005;3e-005;4e-005;4e-005;4e-005;4e-005;4e-005;4e-005;4e-005;4e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;-1e-005;0;1e-005;2e-005;3e-005;3e-005;4e-005;5e-005;5e-005;6e-005;6e-005;6e-005;6e-005;6e-005;6e-005;6e-005;5e-005;5e-005;5e-005;5e-005;4e-005;4e-005;4e-005;4e-005;3e-005;3e-005;3e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;1e-005;1e-005;1e-005;0;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;-7e-005;-8e-005;-9e-005;-0.00011;-0.00012;-0.00014;-0.00015;-0.00016;-0.00017;-0.00018;-0.00019;-0.0002;-0.0002;-0.0002;-0.00021;-0.00021;-0.00021;-0.00021;-0.00021;-0.0002;-0.00017;-0.00013;-8e-005;-1e-005;7e-005;0.00016;0.00026;0.00037;0.00046;0.00054;0.00061;0.00067;];
a_sigma_phiS = [3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;3e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;2e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;NaN;NaN;NaN;NaN;NaN;NaN;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;1e-005;2e-005;2e-005;2e-005;3e-005;];
%values from Sullivan et al 2006 (Applied Optics, in revision)

%interpolate literature phiT values to acs wavelengths
phiT_wl = interp1(wavelength,phiT,wls,'linear','extrap');
sigma_phiT_wl = interp1(wavelength,sigma_phiT,wls,'linear','extrap');

%correct acdata_raw for temp-dependent water absorbance, propagate error
%into del_raw.  Output acdata_t and del_t.
 
    acdata_t(:,1) = acdata_raw(:,1) - phiT_wl(:,1).*(Tm-Tref);
    acdata_t(:,2) = acdata_raw(:,2) - phiT_wl(:,2).*(Tm-Tref);
    del_t(:,1) = ((del_raw(:,1)).^2 + (sigma_phiT_wl(:,1).*(Tm-Tref)).^2).^(1/2);
    del_t(:,2) = ((del_raw(:,2)).^2 + (sigma_phiT_wl(:,2).*(Tm-Tref)).^2).^(1/2);


